С 2003 года Екатерина работала в отделе повышения эффективности в компании ПрайсвотерхаусКуперс. В 2005 году перешла на должность начальника управления по аудиту предприятий энергетики в СУЭК. В 2008 году Екатерина перешла в Объединенную Металлургическую Компанию на должность заместителя руководителя Службы Внутреннего Аудита, где ее основной задачей было создание функции внутреннего аудита в компании «с нуля». К команде Фонда «Сколково» Екатерина присоединилась 1 июня 2011 года – практически с самого начала деятельности Фонда. Под руководством Екатерины в Фонде была создана система стратегического целеполагания, разработана и утверждена стратегия Фонда и инновационного центра на период до 2020 года, разработана и утверждена Правительством Российской Федерации государственная подпрограмма об инновационном центре «Сколково». В феврале 2018 года Екатерина возглавила АНО «Сколково Форум», основной задачей которого является организация и проведение мероприятий, направленных на популяризацию технологического предпринимательства и повышение уровня осведомленности о существующих мерах государственной и негосударственной поддержке технологических стартапов в стране и за рубежом. Имеет Благодарность Правительства Российской Федерации за вклад в развитие технологического предпринимательства в стране.